学校现有四个校区，总面积达6.17平方公里，分别座落在珠江之畔、南海之滨。广州南校区占地1.17平方公里，北校区占地0.39平方公里，广州东校区占地1.13平方公里，珠海校区占地3.48平方公里。学校设有人文科学学院、社会学与人类学学院、亚太研究院、人文高等研究院（博雅学院、通识教育部）、逸仙学院、岭南学院、国际商学院、法学院、知识产权学院、政治与公共事务管理学院、管理学院、创业学院、教育学院、社会科学教育学院、马克思主义研究院、外国语学院、翻译学院、国际汉语学院、外语教学中心、传播与设计学院、数学与计算科学学院、物理科学与工程技术学院、中法核工程与技术学院、化学与化学工程学院、生命科学学院、海洋学院、地理科学与规划学院、旅游学院、环境科学与工程学院、信息科学与技术学院、软件学院、移动信息工程学院、中山大学-卡内基梅隆大学联合工程学院、超级计算学院、工学院、资讯管理学院、国家保密学院、中山医学院、光华口腔医学院、公共卫生学院、护理学院、药学院等42个学院和中国语言文学系、历史学系、哲学系、心理学系、地球科学系等5个直属系。另设有附属第一医院、孙逸仙纪念医院（附属第二医院）、附属第三医院、附属第五医院（珠海医院）、附属第六医院（附属胃肠肛门医院）等5所综合性医院，以及中山眼科中心（含眼科医院）、肿瘤防治中心（含肿瘤医院）、光华口腔医院等3个附属专科医院。
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